Алексеевский краеведческий музей основан по инициативе первого секретаря РК КПСС Щелкаева Ивана Прокофьевича общественностью района во главе с краеведом Афанасьевым Иваном Петровичем 20 марта 1987 года. 

Статус государственного получил в 1999 году.

2 декабря 2011 г. МУК "Алексеевский краеведческий музей" переименован в муниципальное бюджетное учреждение культуры "Историко-краеведческий музей" муниципального района Алексеевский Самарской области.